实验室实行实验室主任负责制和学术委员会评审制。
实验室定期召开学术委员会会议，就实验室重要发展问题做出决策，审议批准实验室管理规章制度，开放课题、自主科研和大学生科技创新项目的课题指南、中期进展和结题报告评审等工作。
实验室设主任1名，副主任3名并向主任负责，分管技术研发和行政工作。实验室设办公室、学术委员会办公室、设备管理办公室，分别处理日常事务。办公室负责实验室日常统一管理，包括各项管理与工作制度的实施、条件建设、设备设施维修、科研成果、内外联系、学术活动、后勤保障、环境卫生等的统一管理。
成立了北京、徐州两地领导协调组和实验室共建委员会。实验室协调领导小组在实验室筹备和建设阶段，讨论决定了依托单位对实验室的建设的支持工作，包括学科关系、人员配置、福利待遇、后勤保障等方面，并对实验室专项经费、优势学科平台建设经费、211建设经费等的分配进行了协调。
同时，实验室邀请了大型煤炭企业为共建委员会委员，坚持了科学研究和技术创新并举的方针，确保了在煤炭资源与安全开采科学技术领域站在国际前沿，技术创新积极面向国民经济建设的需要和煤炭工业主战场